BLASTN 2.11.0+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: Diaci_v3.0.ref.fa 14 sequences; 476,518,215 total letters Query= 124 Length=1549 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value DC3.0sc05 1971 0.0 >DC3.0sc05 Length=40831495 Score = 1971 bits (1067), Expect = 0.0 Identities = 1350/1473 (92%), Gaps = 74/1473 (5%) Strand=Plus/Minus Query 112 CAGACAGGATTGATTATTTTCGCGAACACAATGACAACATTTGTCTTGCTTTATAAACTT 171 |||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 8052198 CAGACAAGATTGACTATTTTCGCAAACACAATGACAACATTTGTC----------AACTT 8052149 Query 172 GAAGTTTATTTACTGGCAAGACCGGACTTAATGTCATTTTTAGCGAGATTTTTCATCATA 231 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 8052148 GAAGTTTATTTACTGGCAAGACCGGACTTAATGTCATTTTTAGCGAGATTTTCCATCATA 8052089 Query 232 TGACGTAAGTCGAAAAATTACCCCCGGACATGAACTTTTTCCCCTGTTTTTCACTTCTTC 291 ||| || |||||||||| |||||| |||||||||| | ||||| |||||||||||||| Sbjct 8052088 TGATGTCAGTCGAAAAACTACCCCTGGACATGAAC-CTATCCCCCGTTTTTCACTTCTTT 8052030 Query 292 GAGTTAAAAAAAACAAAACTAGTGTCTATAAAAAACTGAAGTTGTGTTTATAAAAACTGA 351 |||||||||||| |||||||||||| | | | || ||||||||| Sbjct 8052029 GAGTTAAAAAAA-CAAAACTAGTGT---T-------T--A--------TA-AAAAACTGA 8051992 Query 352 AGTTGTGTTTAGAAATCCCCCGGCTCATTTGATTTCTTTTTTATTTGTGATATATTTAAT 411 |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 8051991 AGTTGTGTTTGGAAATCCCCCGGCTCATTTGATTTCTTTTTTATTTGTGATATATTTAAT 8051932 Query 412 AATTACTCT-TTT-TCCCCTTTAGATATTTTTTGTTGTTTTAATTTTAATTTCCCCCCTC 469 ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 8051931 AATTACTCTATTTCCCCCCTTTAGATATTTTTTGTTGTTTTAATTTTAATTTCCCCCCTC 8051872 Query 470 AACTTTGTTTATACATTTAATTACTTATATTTAGTTGATATTTATTTTTACCATAAGATT 529 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 8051871 AACTTTGTTTATACATTTAATTACTTATATTTAGTTGATATTTATTTTTACCATAAGATT 8051812 Query 530 TATAAATTGACCCTTTTGTATTGTGTGCTCACAACCTATTTCCTTTTCTTATTTTCAAAT 589 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 8051811 TATAAATTGACCCTTTTGTATTGTGTGCTCACAACCTATTTCCTTTTCTTATTTTCAAAT 8051752 Query 590 ATCGCTCATTCCTCCTCCCTAAGCTCCTGTTT-TTTA-T-TTA-T-----T------C-T 633 |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| | ||| | | | | Sbjct 8051751 ATCGCTCATTTCTCCTCCCTAAGCTCCTGTTTATTTATTCTTAGTAAAAATAGGACCCAT 8051692 Query 634 TA--GTAAAAATAGGACCTGTTTAATAATGAT-TTG-----T-ATGA-GT-TAGCTTAAT 682 || || |||||||||||||||||||||| | || | |||| | || ||||| Sbjct 8051691 TAGTGTTGAAATAGGACCTGTTTAATAATGGTAATGAAAAATAATGATTTGTATGTTAAT 8051632 Query 683 AAAACCAAGGTTTATCATTGGATTGCATTTCTTGAAAGAAGTCGGTCGGGGAAAGTTAAA 742 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 8051631 AAAACCAAGGTTTATCATTGGATTGCATTTCTTGAAAGAAGTCGGTCGGGGAAAGTTAAA 8051572 Query 743 AAATACTTGATCCCAAACTGACTTCTCTCATGAATTGGACTGTAATTGAATGTTTCTAAC 802 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 8051571 AAATACTTGATCCCAAACTGACTTCTCTCATGAATTGGACTGTAATTGAATGTTTCTAAC 8051512 Query 803 TTTCTACATATTATACTTTTAACAAATTGTGCTGGAAGTACGATAAAAGCCTGAATATTA 862 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 8051511 TTTCTACATATTATACTTTTAACAAATTGTGCTGGAAGTACGATAAAAGCCTGAATATTA 8051452 Query 863 CATTATTACATTTTAGTGCAGCTTTAATTTTATATTTATTTACTCATAAAGGCAGCACAC 922 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 8051451 CATTATTACATTTTAGTGCAGCTTTAATTTTATATTTATTTACTCATAAAGGCAGCACAA 8051392 Query 923 ACGTTTAAAGAATAAGTATAAGGTGCTTGCTCATTCCAATCGACCTTTTTCGGTGCAAAA 982 ||| ||||||| ||| ||| ||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||| Sbjct 8051391 ACGGTTAAAGACTAAATATTAGGTGCTTGCTTATTCCGATCGATCTTTTTCGGTGCAAAA 8051332 Query 983 TAGTTCTATTTTTGAACTGAGCTAACTTTTGGCTTAGTGCTTTAAATGCTGGTTTCAGAT 1042 || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 8051331 CTGTGCGATTTTTGAACTGAGCTAACTTTTGGCTTAGTGCTTTAAATGCTGGTTTCAGAT 8051272 Query 1043 TAGTCTTTCG--ATCTAACCTATCTCACGTTTTTTT-ACTTTTCTTCGTATAGGTAAGGA 1099 ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| Sbjct 8051271 TAGTCTTTCTTAATCTAACCTATCTCACGTTTTTTTTACTTTTCTTCCTATAGGTAAGGA 8051212 Query 1100 AAGTAATGTATCCATCAAGTTTACTCGGGCCCTAGGAAACTATTTGAGTAATTTTAAATT 1159 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 8051211 AAGTAATGTATCCATCAAGTTTACTCGGGCCCTAGGAAACTATTTGAGTAATTTTAAATC 8051152 Query 1160 GATGATAATTATTAT---ATGATTTTAACAGTTTTAACACACAAGATCTATTTTTAAATC 1216 ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| | Sbjct 8051151 GATGATAATTATTATTATATGATTTTAACAGTTTTTACACACAAGATCTAGTTTTAAAAC 8051092 Query 1217 TAGGATTGTATCTTCTATCTTATATGAGCAATGGCTGCGTGTATCAGGGCTCAATAAAGT 1276 |||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 8051091 TAGGTGTTTATA-TCTATCTTATATGAGCAATGGCTGCGTGTATCAGGGCTCAATAAAGT 8051033 Query 1277 TGTTCGAATTTAGTGTGAATATAAAATTTATGAGTGTGGATTTGGTTTTGGATTTTTCGT 1336 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 8051032 TGTTCGAATTTAGTGTGAATATAAAATTTATGAGTGTGGATTTGGTTTTGGATTTTTCGT 8050973 Query 1337 GTTGTTCATAGTAATATTAGGCGAACTATTTGCTGATGTTTAATTTAGATTAACTTCTTT 1396 ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||| | | Sbjct 8050972 GTTGTTCATAGTAATATCAGGCAAACTATTTGCTGATGTTGTATTTAGATTACC--C--- 8050918 Query 1397 CTTTCTTTTCTCTATTGTCATTTTTTGTGTGTGCCATTTTTAACGAAATAATAATGTAGA 1456 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 8050917 CTTTCTTTTCTCTATTGTCATTTTTTGTGTGTGCCATTTTTAACGAAATAATAATGTAGA 8050858 Query 1457 AAAATAAAGGCCCTAGCCATAACTTTTATGATTAATGCATAGTTTTAATTAATTAGAGTT 1516 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 8050857 AAAATAAAGGCCCTAGCCATAACTTTTATGATTAATGCATAGTTTTAATTAATTAGAGTT 8050798 Query 1517 GCAAATATTGGATTTCGTAAAATTTACGCCTGT 1549 ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 8050797 GCAAATATTGGATTTCGTAAAATTTACGCCTGT 8050765 Score = 1445 bits (782), Expect = 0.0 Identities = 850/881 (96%), Gaps = 11/881 (1%) Strand=Plus/Plus Query 677 CTTAATAAAACCAAGGTTTATCATTGGATTGCATTTCTTGAAAGAAGTCGGTCGGGGAAA 736 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 8001383 CTTAATAAAACCAAGGTTTATCATTGGATTGCATTTCTTGAAAGAAGTCGGTCGGGGAAA 8001442 Query 737 GTTAAAAAATACTTGATCCCAAACTGACTTCTCTCATGAATTGGACTGTAATTGAATGTT 796 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 8001443 GCTAAAAAATACTTGATCCCAAACTGACTTCTCTCATGAATTGGACTGTAATTGAATGTT 8001502 Query 797 TCTAACTTTCTACATATTATACTTTTAACAAATTGTGCTGGAAGTACGATAAAAGCCTGA 856 |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 8001503 TCTAACTTTCTACATATTGTACTTTGAACAAATTGTGCTGGAAGTACGATAAAAGCCTGA 8001562 Query 857 ATATTACATTATTACATTTTAGTGCAGCTTTAATTTTATATTTATTTACTCATAAAGGCA 916 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 8001563 ATATTACATTATTACATTTTAGTGCAGCTTTAATTTTATATTTATTTACTCATAAAGGCA 8001622 Query 917 GCACACACGTTTAAAGAATAAGTATAAGGTGCTTGCTCATTCCAATCGACCTTTTTCGGT 976 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 8001623 GCACACACGTTTAAAGAATAAGTATAAGGTGCTTGCTCATTCCAATCGACCTTTTTCGGT 8001682 Query 977 GCAAAATAGTTCTATTTTTGAACTGAGCTAACTTTTGGCTTAGTGCTTTAAATGCTGGTT 1036 ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 8001683 GCAAAATTGTTCGATTTTTGAACTGAGCTAACTTTTGGCTTAGTGCTTTAAATTCTGGTT 8001742 Query 1037 TCAGATTAGTCTTTCGATCTAACCTATCTCACGTTTTTTTACTTTTCTTCGTATAGGTAA 1096 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| Sbjct 8001743 TCAGATTAGTCTTTCGATCTAACCTATCTCACGTTTTTTTACTTTTCTTCCTATGGGTAA 8001802 Query 1097 GGAAAGTAATGTATCCATCAAGTTTACTCGGGCCCTAGGAAACTATTTGAGTAATTTTAA 1156 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 8001803 GGAAAGTAATGTATCCATCAAGTTTACTCGGGCCCTAGGAAACTATTTGAGTAATTTTAA 8001862 Query 1157 ATTGATGATAATTATTA---TATGATTTTAACAGTTTTAACACACAAGATCTATTTTTAA 1213 ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 8001863 ATTGATGATAATTATTATTTTATGATTTTAACAGTTTTTACACACAAGATCTATTTTTAA 8001922 Query 1214 ATCTAGGATTGTATCTTCTATCTTATATGAGCAATGGCTGCGTGTATCAGGGCTCAATAA 1273 ||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 8001923 ATCTAGG-TT-TAT-ATCTATCTTATATGAGCAATGGCTGCGTGTATCAGGGCTCAATAA 8001979 Query 1274 AGTTGTTCGAATTTAGTGTGAATATAAAATTTATGAGTGTGGATTTGGTTTTGGATTTTT 1333 |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 8001980 AGTTGTTCGAATTTAGTGTGAATATAAAATTTATAAGTGTGGATTTGGTTTTGGATTTTT 8002039 Query 1334 CGTGTTGTTCATAGTAATATTAGGCGAACTATTTGCTGATGTTTAATTTAGATTA---A- 1389 |||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||| || |||||||||| | Sbjct 8002040 CGTGTTGTTCATAGTAATATCAGGCAAACTATTTGTTGATATTGCATTTAGATTACCTAC 8002099 Query 1390 CTTCTTTCTTTCTTTTCTCTATTGTCATTTTTTGTGTGTGCCATTTTTAACGAAATAATA 1449 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 8002100 CCCCTTTCTTTCTTTTCTCTATTGTCATTTTTTGTGTGTGCCATTTTTAACGAAATAATA 8002159 Query 1450 ATGTAGAAAAATAAAGGCCCTAGCCATAACTTTTATGATTAATGCATAGTTTTA-ATTAA 1508 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| Sbjct 8002160 ATGTAGAAAAATAAAGGCCCTAGCCATAACTTTTATGATTAATGCATAGTTTAATATTAA 8002219 Query 1509 TTAGAGTTGCAAATATTGGATTTCGTAAAATTTACGCCTGT 1549 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 8002220 TTAGAGTTGCAAATATTGGATTTCGTAAAATTTACGCCTGT 8002260 Score = 837 bits (453), Expect = 0.0 Identities = 560/605 (93%), Gaps = 34/605 (6%) Strand=Plus/Plus Query 48 GAA-ATCCGTAAATCAGACGAACACTGTATCCAAAATTATTGACTTACATAGCTACATAG 106 ||| ||| ||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 7999497 GAAGATCTGTAAATCAGCCGGACACTTTATCCAAAATTATTGACTTACATAGCTACAT-- 7999554 Query 107 ACAGACAGACAGGATTGATTATTTTCGCGAACACAATGACAACATTTGTCTTGCTTTATA 166 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 7999555 --AGTCAGACAGGATTGATTATTTTCGCGAACACAATGACAACATTTGTCTTGCTTTATA 7999612 Query 167 AACTTGAAGTTTATTTACTGGCAAGACCGGACTTAATGTCATTTTTAGCGAGATTTTTCA 226 ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 7999613 AACTTGAAGTTCATTTACTGGCAAGACCGGACTTTATGTCATTTTTAGCGAGATTTTTCA 7999672 Query 227 TCATATGACGTAAGTCGAAAAATTACCCCCGGACATGAACTTTTTCCCCTGTTTTTCACT 286 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 7999673 TCATATGACGTAAGTCGAAAAATTACCCCCGGACATGAACTTTTTCCCCTGTTTTTCACT 7999732 Query 287 TCTTCGAGTTAAAAAAAACAAAACTAGTGTCTATAAAAAACTGAAGTTGTGTTTATAAAA 346 |||||||||||||||| ||||| ||||| | || | || |||| Sbjct 7999733 TCTTCGAGTTAAAAAA--CAAAAGTAGTG----T------CT--A--------TA-AAAA 7999769 Query 347 ACTGAAGTTGTGTTTAGAAATCCCCCGGCTCATTTGATTTCTTTTTTATTTGTGATATAT 406 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 7999770 ACTGAAGTTGTGTTTAGAAATCCCCCGGCTCATTTGATTTCTTTTTTATTTGTGATATAT 7999829 Query 407 TTAATAATTACT-CT-TTTTCCCCTTTAGATATTTTTTGTTGTTTTAATTTTAATTTCCC 464 |||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 7999830 TTAATAATTATTACTCTTTTCCCCTTTAGATATTTTTTGTTGTTTTAATTTTAA-TTCCC 7999888 Query 465 CCCTCAACTTTGTTTATACATTTAATTACTTATATTTAGTTGATATTTATTTTTACCATA 524 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 7999889 CCCTCAACTTTGTTTATACATTTAATTACTTATATTTAGTTGATATTTATTTTTACCATA 7999948 Query 525 AGATTTATAAATTGACCCTTTTGTATTGTGTGCTCACAACCTATTTCCTTTTCTTATTTT 584 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 7999949 AGATTTATAAATTGACCCTTTTGTATTGTGTGCTCACAACCTATTTCCTTTTCTTATTTT 8000008 Query 585 CAAATATCGCTCATTCCTCCTCCCTAAGCTCCTGTTTTTTATTTATTCTTAGTAAAAATA 644 |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||| Sbjct 8000009 CAAATATCGCTCATTCCTCCTCCCCAAGCTCCTG---TTTATTTATTCTTCGTAAAAATA 8000065 Query 645 GGACC 649 ||||| Sbjct 8000066 GGACC 8000070 Lambda K H 1.33 0.621 1.13 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 724307069680 Database: Diaci_v3.0.ref.fa Posted date: May 28, 2019 1:32 PM Number of letters in database: 476,518,215 Number of sequences in database: 14 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5