BLASTN 2.11.0+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: Dcitri_transcriptome.fasta 60,261 sequences; 104,618,276 total letters Query= Untitled_sequence Length=1038 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value DcDTi07558.2Gag-Pol polyprotein 1781 0.0 DcDTi12334.7Unknown protein 1766 0.0 DcDTi07558.3Gag-Pol polyprotein 1391 0.0 >DcDTi07558.2 Gag-Pol polyprotein Length=4462 Score = 1781 bits (964), Expect = 0.0 Identities = 1023/1049 (98%), Gaps = 13/1049 (1%) Strand=Plus/Plus Query 1 ATGCAAGTTACTGGTAAAGCTGCCAAATTATTGGATGGCTTAAAGATTACTAGTGTCAAT 60 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 1730 ATGCAAGTTACTGGTAAAGCTGCCAAATTATTGGATGGCTTAAAGATTACTAGTGCCAAT 1789 Query 61 TACCAGGTAGCTAAGGAGTTATTACATGAAGAATATGGTAGTACCCAAATAGTGACAAAC 120 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 1790 TACCAGGTAGCTAAGGAGTTATTACATGAAGAATATGGTAGCACCCAAATAGTGACAAAC 1849 Query 121 AAGTTGTACAATGATATTAATAACTTGTCATTGGTATCGCAAAAGAAAGAGGATATCATG 180 ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 1850 AAGTTGTACAATGATATAAATAACTTGTCATTGGTATCGCAAAAGAAAGAGGATATTATG 1909 Query 181 AAGTTATACTCTGACATAGAAACTAACCTGAAGTTGTTAGAGAACTTAGGTAACCAGGTG 240 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1910 AAGTTATACTCTGACATAGAAACTAACCTGAAGTTGTTAGAGAACTTAGGTAACCAGGTG 1969 Query 241 GAGGGCGAGGTTTTAGCTTCTTGTATTTTCAAGAAACTCGCCCCTGAGACGAAAAGCAAG 300 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 1970 GAGGGCGAGGTTTTAGCTTCTTGTATTTTCAAGAAACTCGCCCCTGAGACAAAAAGCAAG 2029 Query 301 TTAGTAGAGCTTTACAGTGATAAAATAACTGTTTCCAATATAAGAGTGAGAATGAAGGAA 360 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2030 TTAGTAGAGCTTTACAGTGATAAAATAACTGTTTCCAATATAAGAGTGAGAATGAAGGAA 2089 Query 361 GAGCTAAAACAGCAGAGGGTGTTACAATCTCTTGAACCCTGCAGTAGTGTTAGTTCCAAG 420 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2090 GAGCTAAAACAGCAGAGGGTGTTACAATCTCTTGAACCCTGCAGTAGTGTTAGTTCCAAG 2149 Query 421 CCACCCCCATCGCCACATAAGTTTGGTGGATTTCAGTATGAGAAGAAGGGCTATACCGCT 480 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 2150 CCACCCCCATCGCCACATAAGTTTGGTGGATTTCATTATGAGAAGAAGGGCTATACCGCT 2209 Query 481 GAGTCTCTAGTAGCTAGGGCTTCTGATAGTGGAGGAGGTGGTAACAATAGGACGATAGGA 540 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 2210 GAGTCTCTAGTAGCTAGGGCTTCTGATAGTGGAGGAGGTGGTAACAATAGG-CGATAGGA 2268 Query 541 CATTGTGTCTTTTGTGACACTCAGGGCCATTTTAGCGACGAATGCCCAACTTATCAAACT 600 |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 2269 CATTGTGTCTTTTGCGACACTCAGGGCCATTTTAGCGACGAATGTCCAACTTATCAAACT 2328 Query 601 ATCGTAGATAGGAAGAAAATGCTCGACAGGAAATGTCACATTTGTCTTCGTCTTAACCAT 660 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2329 ATCGTAGATAGGAAGAAAATGCTCGACAGGAAATGTCACATTTGTCTTCGTCTTAACCAT 2388 Query 661 TCTACACCACAATGTAGGAATATGGCCAGATGTTATCATTGTGGAGTTAGGGGTAGTCAT 720 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2389 TCTACACCACAATGTAGGAATATGGCCAGATGTTATCATTGTGGAGTTAGGGGTAGTCAT 2448 Query 721 TACCGGGCTCTATGCCCAAGTAAGTTCCCACGGGGAAATATTCAGATTCAAAATT----- 775 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 2449 TACCGGGCTCTATGCCCAAGTAAGTTCCCACGGGGAAATATTCAGGTTCAAAATTTAGCA 2508 Query 776 ------CTAGCAATAGATACAATAGACCAAACTTTAGAAATAGCAATAGCTACCCTACTG 829 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || Sbjct 2509 ATGGTCCTAGCAATAGATACAATAGACCAAACTTTAGAAATAGCAATAGTTACCCTATTG 2568 Query 830 ATAAGAATAACAGTCGCGGTTCCGTTAGTAATCAGAAGAACCCACCAGTAAATCAGCAAC 889 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 2569 ATAAGAATAACAGTCGCGGTTCCGTTAGTAATCAGAAGAACCCATCAGTAAATCAGCAAC 2628 Query 890 AAAATACATCTGCTCATATGAATGATAGTCAGGAGACCGGAGTAGTTAGTACTAGTTTGT 949 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2629 AAAATACATCTGCTCATATGAATGATAGTCAGGAGACCGGAGTAGTTAGTACTAGTTTGT 2688 Query 950 ACTCTGGTAATTCTAGTAGTCCAAGTGTGGTATATTTCCAGACAGCCACCATTAGAGTGA 1009 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2689 ACTCTGGTAATTCTAGTAGTCCAAGTGTGGTATATTTCCAGACAGCCACCATTAGAGTGA 2748 Query 1010 AAAATAAGGAGAAGGGTAAAGGAATGTAA 1038 ||||||||||||| ||||||| ||||||| Sbjct 2749 AAAATAAGGAGAACGGTAAAG-AATGTAA 2776 >DcDTi12334.7 Unknown protein Length=4721 Score = 1766 bits (956), Expect = 0.0 Identities = 1017/1045 (97%), Gaps = 9/1045 (1%) Strand=Plus/Minus Query 1 ATGCAAGTTACTGGTAAAGCTGCCAAATTATTGGATGGCTTAAAGATTACTAGTGTCAAT 60 |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| Sbjct 2551 ATGCAAGTTACTGGCAAAGCTGCCAAATTATTGGATGGCTTGAAGATTACTAGTGCCAAT 2492 Query 61 TACCAGGTAGCTAAGGAGTTATTACATGAAGAATATGGTAGTACCCAAATAGTGACAAAC 120 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2491 TATCAGGTAGCTAAGGAGTTATTACATGAAGAATATGGTAGTACCCAAATAGTGACAAAC 2432 Query 121 AAGTTGTACAATGATATTAATAACTTGTCATTGGTATCGCAAAAGAAAGAGGATATCATG 180 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 2431 AAGTTGTACAATGATATTAATAACTTGTCATTGGTATCCCAAAAGAAAGAGGATATCATG 2372 Query 181 AAGTTATACTCTGACATAGAAACTAACCTGAAGTTGTTAGAGAACTTAGGTAACCAGGTG 240 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2371 AAGTTATACTCTGACATAGAAACTAACCTGAAGTTGTTAGAGAACTTAGGTAACCAGGTG 2312 Query 241 GAGGGCGAGGTTTTAGCTTCTTGTATTTTCAAGAAACTCGCCCCTGAGACGAAAAGCAAG 300 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| Sbjct 2311 GAGGGCGAGGTTTTAGCTTCTTGTATTTTCAAGAAACTCACCCCTGAGACAAAAAGCAAG 2252 Query 301 TTAGTAGAGCTTTACAGTGATAAAATAACTGTTTCCAATATAAGAGTGAGAATGAAGGAA 360 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2251 TTAGTAGAGCTTTACAGTGATAAAATAACTGTTTCCAATATAAGAGTGAGAATGAAGGAA 2192 Query 361 GAGCTAAAACAGCAGAGGGTGTTACAATCTCTTGAACCCTGCAGTAGTGTTAGTTCCAAG 420 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2191 GAGCTAAAACAGCAGAGGGTGTTACAATCTCTTGAACCCTGCAGTAGTGTTAGTTCCAAG 2132 Query 421 CCACCCCCATCGCCACATAAGTTTGGTGGATTTCAGTATGAGAAGAAGGGCTATACCGCT 480 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 2131 CCACCCCCATCGCCACATAAGTTTGGTGGATTTCAGTATGAGAAGAAGGACTATACCGCT 2072 Query 481 GAGTCTCTAGTAGCTAGGGCTTCTGATAGTGGAGGAGGTGGTAACAATAGGACGATAGGA 540 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2071 GAGTCTCTAGTAGCTAGGGCTTCTGATAGTGGAGGAGGTGGTAACAATAGGACGATAGGA 2012 Query 541 CATTGTGTCTTTTGTGACACTCAGGGCCATTTTAGCGACGAATGCCCAACTTATCAAACT 600 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2011 CATTGTGTCTTTTGTGACACTCAGGGCCATTTTAGCGACGAATGCCCAACTTATCAAACT 1952 Query 601 ATCGTAGATAGGAAGAAAATGCTCGACAGGAAATGTCACATTTGTCTTCGTCTTAACCAT 660 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 1951 ATCGTAGATAGGAAGAAAATGCTCGACAGGAAATGTCACATTTGTCTTCGTCTTAATCAT 1892 Query 661 TCTACACCACAATGTAGGAATATGGCCAGATGTTATCATTGTGGAGTTAGGGGTAGTCAT 720 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1891 TCTACACCACAATGTAGGAATATGGCCAGATGTTATCATTGTGGAGTTAGGGGTAGTCAT 1832 Query 721 TACCGGGCTCTATGCCCAAGTAAGTTCCCACGGGGAAATATTCAGATTCAAAATTCTAGC 780 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1831 TACCGGGCTCTATGCCCAAGTCAGTTCCCACGGGGAAATATTCAGATTCAAAATTCTAGC 1772 Query 781 AATAGA--TA-CAATAGACCAAACTTTAG-AAA---TAGCAATAGCTACCCTACTGATAA 833 ||| | || ||||||| || | | ||| ||| |||||||||||||||||||| Sbjct 1771 AATGGTCCTAGCAATAGATACAA-TAGACCAAACTTTAGAAATAGCTACCCTACTGATAA 1713 Query 834 GAATAACAGTCGCGGTTCCGTTAGTAATCAGAAGAACCCACCAGTAAATCAGCAACAAAA 893 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1712 GAATAACAGTCGCGGTTCCGTTAGTAATCAGAAGAACCCACCAGTAAATCAGCAACAAAA 1653 Query 894 TACATCTGCTCATATGAATGATAGTCAGGAGACCGGAGTAGTTAGTACTAGTTTGTACTC 953 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1652 TACATCTGCTCATATGAATGATAGTCAGGAGACCGGAGTAGTTAGTACTAGTTTGTACTC 1593 Query 954 TGGTAATTCTAGTAGTCCAAGTGTGGTATATTTCCAGACAGCCACCATTAGAGTGAAAAA 1013 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1592 TGGTAATTCTAGTAGTCCAAGTGTGGTATATTTCCAGACAGCCACCATTAGAGTGAAAAA 1533 Query 1014 TAAGGAGAAGGGTAAAGGAATGTAA 1038 ||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 1532 TAAGGAGAAGGGTAAAG-AATGTAA 1509 >DcDTi07558.3 Gag-Pol polyprotein Length=5438 Score = 1391 bits (753), Expect = 0.0 Identities = 1010/1118 (90%), Gaps = 82/1118 (7%) Strand=Plus/Plus Query 1 ATGCAAGTTACTGGTA-AAGCTG--C-CAAATTATTGGATG-GCTTAAAGATTACTAGT- 54 |||| ||||| |||| ||| || | |||||| |||||| ||||||||||||||||| Sbjct 2376 ATGC-AGTTATGGGTATAAGTTGCTCTCAAATTTATGGATGTGCTTAAAGATTACTAGTT 2434 Query 55 GTC-A-ATTACCAGG-T--AG-CTAAG--GAG--TTATTA-CA-T-GA-AG--AATATGG 98 | | | ||||| | | || ||||| ||| |||||| || | || || ||||||| Sbjct 2435 GCCTATATTACTGGTTTAAAGTCTAAGTTGAGTTTTATTACCATTGGAGAGATAATATGG 2494 Query 99 TAGTACCCAAAT-A---GTGACAAACAAGTTGTACAATGATATTAATA-ACTTGTC-ATT 152 ||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||| Sbjct 2495 TAGCACCCAAATTATTGGTGACAAACAAGTTGTACAATGATATAAATATACTTGTCAATT 2554 Query 153 GGTATC------GCAAAAGAAAGAGGA-TA-TCA--TGAAGTTATACT-CT-GACA--TA 198 |||||| | ||||||||||||| || | | |||||||||||| || |||| || Sbjct 2555 GGTATCTTTTGTGAAAAAGAAAGAGGAATATTTAGTTGAAGTTATACTGCTGGACAGGTA 2614 Query 199 GA-AACTAACCTGAAGTTGT-TAGAGAAC-TTAGGTA--ACC--AGG-TGGAGG-GCGAG 249 || |||||| |||||||||| | |||||| ||||||| ||| ||| |||||| ||||| Sbjct 2615 GAGAACTAATCTGAAGTTGTATTGAGAACTTTAGGTATTACCTTAGGTTGGAGGTGCGAG 2674 Query 250 --G-TTTTAGCTTCTTGTA-TTTTCAAGA-AACTCGCCC-C---TGA--GA-CGAAAAG- 296 | ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| | ||| || | ||||| Sbjct 2675 TTGTTTTTAGCTTCTTGTAGTTTTCAAGAGAACTCGCCCTCTTTTGAGTGATCAAAAAGT 2734 Query 297 CAAGTTAGT-A-GAGC-TTTACAGTGATAAAATAACTGTTTCCAATATAAGAGTGAGAAT 353 || |||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2735 CAGGTTAGTGAGGAGCTTTTACAGTGATAAAATAACTGTTTCCAATATAAGAGTGAGAAT 2794 Query 354 GAAGGAAGAGCTAAAACAGCAGAGGGTGTTACAATCTCTTGAACCCTGCAGTAGTGTTAG 413 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2795 GAAGGAAGAGCTAAAACAGCAGAGGGTGTTACAATCTCTTGAACCCTGCAGTAGTGTTAG 2854 Query 414 TTCCAAGCCACCCCCATCGCCACATAAGTTTGGTGGATTTCAGTATGAGAAGAAGGGCTA 473 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 2855 TTCCAAGCCACCCCCATCGCCACATAAGTTTGGTGGATTTCATTATGAGAAGAAGGGCTA 2914 Query 474 TACCGCTGAGTCTCTAGTAGCTAGGGCTTCTGATAGTGGAGGAGGTGGTAACAATAGGAC 533 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 2915 TACCGCTGAGTCTCTAGTAGCTAGGGCTTCTGATAGTGGAGGAGGTGGTAACAATAGGGC 2974 Query 534 GATAGGACATTGTGTCTTTTGTGACACTCAGGGCCATTTTAGCGACGAATGCCCAACTTA 593 ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 2975 GATAGGACATTGTGTCTTTTGCGACACTCAGGGCCATTTTAGCGACGAATGTCCAACTTA 3034 Query 594 TCAAACTATCGTAGATAGGAAGAAAATGCTCGACAGGAAATGTCACATTTGTCTTCGTCT 653 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3035 TCAAACTATCGTAGATAGGAAGAAAATGCTCGACAGGAAATGTCACATTTGTCTTCGTCT 3094 Query 654 TAACCATTCTACACCACAATGTAGGAATATGGCCAGATGTTATCATTGTGGAGTTAGGGG 713 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3095 TAACCATTCTACACCACAATGTAGGAATATGGCCAGATGTTATCATTGTGGAGTTAGGGG 3154 Query 714 TAGTCATTACCGGGCTCTATGCCCAAGTAAGTTCCCACGGGGAAATATTCAGATTCAAAA 773 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 3155 TAGTCATTACCGGGCTCTATGCCCAAGTAAGTTCCCACGGGGAAATATTCAGGTTCAAAA 3214 Query 774 TT------------CTAGCAATAGATACAATAGACCAAACTTTAGAAATAGCAATAGCTA 821 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 3215 TTATAGCAATGGTCCTAGCAATAGATACAATAGACCAAACTTTAGAAATAGCAATAGTTA 3274 Query 822 CCCTACTGATAAGAATAACAGTCGCGGTTCCGTTAGTAATCAGAAGAACCCACCAGTAAA 881 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 3275 CCCTATTGATAAGAATAACAGTCGCGGTTCCGTTAGTAATCAGAAGAACCCATCAGTAAA 3334 Query 882 TCAGCAACAAAATACATCTGCTCATATGAATGATAGTCAGGAGACCGGAGTAGTTAGTAC 941 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3335 TCAGCAACAAAATACATCTGCTCATATGAATGATAGTCAGGAGACCGGAGTAGTTAGTAC 3394 Query 942 TAGTTTGTACTCTGGTAATTCTAGTAGTCCAAGTGTGGTATA-TTTCCAGACAGCCACCA 1000 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 3395 TAGTTTGTACTCTGGTAATTCTAGTAGTCCAAGTGTGGTATATTTTCCAGACAGCCACCA 3454 Query 1001 TTAGAGTGAAAAATAAGGAGAAGGGTAAAGGAATGTAA 1038 |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| Sbjct 3455 TTAGAGTGAAAAATAAGGAGAACGGTAAAG-AATGTAA 3491 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 104288107880 Database: Dcitri_transcriptome.fasta Posted date: Apr 30, 2019 10:57 AM Number of letters in database: 104,618,276 Number of sequences in database: 60,261 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5