BLASTN 2.11.0+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: Dcitr_OGSv2.0_rna.fa 25,292 sequences; 49,157,538 total letters Query= 3546 Length=879 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value DcitrM020360.1.1Unknown protein. Similar to MCOT21942.0.CC XP_008... 1149 0.0 >DcitrM020360.1.1 Unknown protein. Similar to MCOT21942.0.CC XP_008476126.1. AED 0.00 Length=1092 Score = 1149 bits (622), Expect = 0.0 Identities = 759/822 (92%), Gaps = 21/822 (3%) Strand=Plus/Plus Query 1 ATGGGAGGTAACTTTGGAACTCAGGTATCGCTCTTGCTGTTTTTAGCAGCAAGTAGCATT 60 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 45 ATGGGAGGTAACTTTGGAACTCAGGTATCGCTCTTGCTGTTTTTAGCAGCAAGTAGCATT 104 Query 61 TATGGACAACCCATTGAGAATGCCAACAATCAAGTCGCGGTCATAGACGATGTAGTACGA 120 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 105 TATGGACAACCCATTGAGAATGCCAACAATCAAGTCGCGGTCATAGACGATGTAGTACGA 164 Query 121 GTGGCTAGGAGCCCCAACCCATTGTATTCGCCACCTCCAGTATATGATCCCCCTGTCTAT 180 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 165 GTGGCTAGGAGCCCCAACCCATTGTATTCGCCACCTCCAGTATATGATCCCCCTGTCTAT 224 Query 181 GCCCCACCACCGGCCCCACCTGTATATGACCCTCCAGTCTACGTTCCGGCTCCTGCACCA 240 |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 225 GCCCCACCACCGCCCCCACCTGTATATGACCCTCCAGTCTACGTTCCGGCTCCTGCACCA 284 Query 241 CCCCCGGTCTACGCCCCACCACCACCACCTCTGAAGTATGACCCTCCAGTTTATGTCCCA 300 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 285 CCCCCGGTCTACGCCCCACCACCACCACCTCTGAAGTATGACCCTCCAGTTTATGTCCCA 344 Query 301 CCACCACCCCCTCCAAAATATGACCCCCCAGTCTACGCCCCACCACCGCCTCCTCCAAAA 360 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 345 CCACCACCCCCTCCAAAATATGACCCCCCAGTCTACGCCCCACCACCGCCTCCTCCAAAA 404 Query 361 TATGACCCTCCAGTCTACGTTCCTGCTCCTGCACCACCCCCGGTTTATGACCCTCCAGTC 420 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 405 TATGACCCTCCAGTCTACGTTCCTGCTCCTGCACCACCCCCGGTTTATGACCCTCCAGTC 464 Query 421 TATGTTCCACCACCTGCTGTAGATTATGAGCCTCCAGTGTATGCTGCTCCTATTGCACCA 480 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 465 TATGTTCCACCACCTGCTGTAGATTATGAGCCTCCAGTGTATGCTGCTCCTATTGCACCA 524 Query 481 ACATATCTACCACCCATCTACGACCCAGCACCGATACCCCCCACTTATGCTCCACTACCA 540 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 525 ACATATCTACCACCCATCTACGACCCAGCACCGATACCCCCCACTTATGCTCCACTACCA 584 Query 541 CCGCCCCCCAAGTATGACCCTCCAGTCTATGTTCCTCCTCCTCCAAAATATGACCCCCCA 600 ||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||| || | | ||||| Sbjct 585 CCGCCCCCCAAGTATGACCCTCCAGTCTACGTCCCACCTCCTGCACCA---G---CCCCA 638 Query 601 GTTTATGTCCCACCAC-C--TGTACCAGCTCCAAAATATGACCCCCCAGTTTACGTCCCA 657 ||||||| || ||| | ||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 639 GTTTATGAGCCTCCAGTCTATGTTCCTCCTCCAAAATATGACCCCCCAGTTTATGTCCCA 698 Query 658 CCACCACC-CC--CTCCAAAATATGACCCCCCAGTTTACGTTCCAGCACCTGCACCAGCT 714 ||||| | || |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| | || || Sbjct 699 CCACCTGCACCAGCTCCAAAATATGACCCCCCAGTTTACGTCCCACCACCACC-CC--CT 755 Query 715 CCAGTTTACGTTCCACCACCACCCCCTCCAAAATATG-ACCC-C-CCAGTTTACGTTCCA 771 ||| || | || ||| | |||| | || ||| | ||||||||||||||| Sbjct 756 CCAAAATATGACCCCCCAGTTTACGTTCCAGCACCTGCACCAGCTCCAGTTTACGTTCCA 815 Query 772 CCACC-CG--CTCCAAAATATGACCCCCCAGTCTACGTTCCA 810 ||||| | |||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 816 CCACCACCCCCTCCAAAATATGACCCCCCAGTTTACGTTCCA 857 Score = 555 bits (300), Expect = 3e-157 Identities = 321/330 (97%), Gaps = 6/330 (2%) Strand=Plus/Plus Query 553 TATGACCCTCCAGTCTATGTTCCTCCTCCTCCAAAATATGACCCCCCAGTTTATGTCCCA 612 ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 642 TATGAGCCTCCAGTCTATGT---TCCTCCTCCAAAATATGACCCCCCAGTTTATGTCCCA 698 Query 613 CCACCTGTACCAGCTCCAAAATATGACCCCCCAGTTTACGTCCCACCACCACCCCCTCCA 672 ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 699 CCACCTGCACCAGCTCCAAAATATGACCCCCCAGTTTACGTCCCACCACCACCCCCTCCA 758 Query 673 AAATATGACCCCCCAGTTTACGTTCCAGCACCTGCACCAGCTCCAGTTTACGTTCCACCA 732 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 759 AAATATGACCCCCCAGTTTACGTTCCAGCACCTGCACCAGCTCCAGTTTACGTTCCACCA 818 Query 733 CCACCCCCTCCAAAATATGACCCCCCAGTTTACGTT---CCACCACCCGCTCCAAAATAT 789 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 819 CCACCCCCTCCAAAATATGACCCCCCAGTTTACGTTCCACCACCACCCGCTCCAAAATAT 878 Query 790 GACCCCCCAGTCTACGTTCCAGCCCCGGCACCACCCCCGGTTTATGACCCTCCAGTTTAT 849 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 879 GACCCCCCAGTCTACGTTCCAGCCCCGGCACCACCCCCGGTTTATGACCCTCCAGTTTAT 938 Query 850 GCCCCACCTCCACCACCATATTACAGCTAG 879 |||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 939 GCCCCACCTCCACCACCATATTACAGATAG 968 Score = 191 bits (103), Expect = 1e-47 Identities = 133/148 (90%), Gaps = 0/148 (0%) Strand=Plus/Plus Query 284 CTCCAGTTTATGTCCCACCACCACCCCCTCCAAAATATGACCCCCCAGTCTACGCCCCAC 343 |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| Sbjct 799 CTCCAGTTTACGTTCCACCACCACCCCCTCCAAAATATGACCCCCCAGTTTACGTTCCAC 858 Query 344 CACCGCCTCCTCCAAAATATGACCCTCCAGTCTACGTTCCTGCTCCTGCACCACCCCCGG 403 |||| || |||||||||||||||| |||||||||||||| || || ||||||||||||| Sbjct 859 CACCACCCGCTCCAAAATATGACCCCCCAGTCTACGTTCCAGCCCCGGCACCACCCCCGG 918 Query 404 TTTATGACCCTCCAGTCTATGTTCCACC 431 |||||||||||||||| |||| ||||| Sbjct 919 TTTATGACCCTCCAGTTTATGCCCCACC 946 Score = 182 bits (98), Expect = 6e-45 Identities = 132/148 (89%), Gaps = 3/148 (2%) Strand=Plus/Plus Query 713 CTCCAGTTTACGTTCCACCACCACCCCCTCCAAAATATGACCCCCCAGTTTACGTTCCAC 772 |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| Sbjct 328 CTCCAGTTTATGTCCCACCACCACCCCCTCCAAAATATGACCCCCCAGTCTACGCCCCAC 387 Query 773 CACC-CG--CTCCAAAATATGACCCCCCAGTCTACGTTCCAGCCCCGGCACCACCCCCGG 829 |||| | |||||||||||||||| |||||||||||||| || || ||||||||||||| Sbjct 388 CACCGCCTCCTCCAAAATATGACCCTCCAGTCTACGTTCCTGCTCCTGCACCACCCCCGG 447 Query 830 TTTATGACCCTCCAGTTTATGCCCCACC 857 |||||||||||||||| |||| ||||| Sbjct 448 TTTATGACCCTCCAGTCTATGTTCCACC 475 Score = 176 bits (95), Expect = 3e-43 Identities = 456/615 (74%), Gaps = 86/615 (14%) Strand=Plus/Plus Query 151 CCACCTCCAGTATATGATCCCCCTGTCTATGCCCCACCACCGGCCCCACCTGTATATGAC 210 || |||||| |||||| ||||| ||||| |||||||||||| | || || ||||||| Sbjct 351 CCCCCTCCAAAATATGACCCCCCAGTCTACGCCCCACCACCGCCTCCTCCAAAATATGAC 410 Query 211 CCTCCAGTCTACGTTCCGGCTCCTGCACCACCCCCGGTCTACG--CC-CCA--CCA---- 261 ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || | || ||| | | Sbjct 411 CCTCCAGTCTACGTTCCTGCTCCTGCACCACCCCCGGTTTATGACCCTCCAGTCTATGTT 470 Query 262 CCACCACCT-CTG-A-AGTATGACCCTCCAGT-T-T-ATG-TCC-----CACC-AC---- 304 ||||||||| ||| | | ||||| |||||||| | | || ||| |||| || Sbjct 471 CCACCACCTGCTGTAGATTATGAGCCTCCAGTGTATGCTGCTCCTATTGCACCAACATAT 530 Query 305 C-ACC-CCC-TC--C-A---A--A-ATATGACCCCCCAGTCTACGC-CC-C-ACCACCGC 349 | ||| ||| || | | | | || |||||||| | || || || | |||||||| Sbjct 531 CTACCACCCATCTACGACCCAGCACCGAT-ACCCCCCACT-TATGCTCCACTACCACCGC 588 Query 350 CTCCTCCAAAATATGACCCTCCAGTCTACGTTCCTGCTCCTGCACCACCCCCGGTTTATG 409 | || || || |||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||| ||||||| Sbjct 589 C-CC-CC-AAGTATGACCCTCCAGTCTACGTCCCACCTCCTGCACCAGCCCCAGTTTATG 645 Query 410 ACCCTCCAGTCTATGTTCCACCACCTGCTGTAGATTATGAGCCTCCAGTGTATGCTGCTC 469 | ||||||||||||||||| ||| | | | ||||| || ||||| | | || || Sbjct 646 AGCCTCCAGTCTATGTTCC---TCCT-C--CAAAATATGACCCCCCAGT-T-T-ATG-TC 695 Query 470 CTATTGCACCAACATATCTACCACCCATCTACGACCCAGCACCGAT-ACCCCCCA-CTTA 527 | |||| || || || ||| || ||| | || |||||||| ||| Sbjct 696 C-----CACC-AC----CT-GCA-CCAGCT-----CCA--AAATATGACCCCCCAGTTTA 736 Query 528 TGCTCCACTACCACCGCCCCCCAAGTATGACCCTCCAGTCTATGTTCCTCCTCCTCCAAA 587 | |||| |||||| || || || |||||||| ||||| || ||||| | ||| || Sbjct 737 CGTCCCACCACCACCCCCTCCAAAATATGACCCCCCAGTTTACGTTCCAGCACCTGCA-- 794 Query 588 ATATGACCCCCCAGTTTATGTCCCACCACCTGTACCAGCTCCAAAATATGACCCCCCAGT 647 | | | |||||||| || |||||||| ||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 795 CCA-G---CTCCAGTTTACGTTCCACCACC---ACCCCCTCCAAAATATGACCCCCCAGT 847 Query 648 TTACGTCCCACCACCACCCCCTCCAAAATATGACCCCCCAGTTTACGTTCCAGCACCTGC 707 |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| || || Sbjct 848 TTACGTTCCACCACCACCCGCTCCAAAATATGACCCCCCAGTCTACGTTCCAGCCCCGGC 907 Query 708 ACCAGCTCCAGTTTA 722 |||| | || ||||| Sbjct 908 ACCACCCCCGGTTTA 922 Score = 172 bits (93), Expect = 4e-42 Identities = 195/242 (81%), Gaps = 15/242 (6%) Strand=Plus/Plus Query 178 TATGC-CC-C-ACCACCGGCCCCACCTGTATATGACCCTCCAGTCTACGTTCCGGCTCCT 234 ||||| || | |||||| ||||| || |||||||||||||||||||| || ||||| Sbjct 570 TATGCTCCACTACCACC-GCCCC-CC-AAGTATGACCCTCCAGTCTACGTCCCACCTCCT 626 Query 235 GCACCACCCCCGGTCTA--CGCC-CCA--CCA-CCACCACCTCTGAAGTATGACCCTCCA 288 |||||| |||| || || ||| ||| | | || |||| || |||||||| ||| Sbjct 627 GCACCAGCCCCAGTTTATGAGCCTCCAGTCTATGTTCCTCCTCCAAAATATGACCCCCCA 686 Query 289 GTTTATGTCCCACCAC---CACCCCCTCCAAAATATGACCCCCCAGTCTACGCCCCACCA 345 |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||||| Sbjct 687 GTTTATGTCCCACCACCTGCACCAGCTCCAAAATATGACCCCCCAGTTTACGTCCCACCA 746 Query 346 CCGCCTCCTCCAAAATATGACCCTCCAGTCTACGTTCCTGCTCCTGCACCACCCCCGGTT 405 || || ||||||||||||||||| ||||| |||||||| || ||||||||| | || ||| Sbjct 747 CCACCCCCTCCAAAATATGACCCCCCAGTTTACGTTCCAGCACCTGCACCAGCTCCAGTT 806 Query 406 TA 407 || Sbjct 807 TA 808 Score = 169 bits (91), Expect = 5e-41 Identities = 155/187 (83%), Gaps = 0/187 (0%) Strand=Plus/Plus Query 151 CCACCTCCAGTATATGATCCCCCTGTCTATGCCCCACCACCGGCCCCACCTGTATATGAC 210 ||| ||||| |||||| ||||| || || | ||||||||| |||| || ||||||| Sbjct 708 CCAGCTCCAAAATATGACCCCCCAGTTTACGTCCCACCACCACCCCCTCCAAAATATGAC 767 Query 211 CCTCCAGTCTACGTTCCGGCTCCTGCACCACCCCCGGTCTACGCCCCACCACCACCACCT 270 || ||||| |||||||| || ||||||||| | || || |||| ||||||||||| ||| Sbjct 768 CCCCCAGTTTACGTTCCAGCACCTGCACCAGCTCCAGTTTACGTTCCACCACCACCCCCT 827 Query 271 CTGAAGTATGACCCTCCAGTTTATGTCCCACCACCACCCCCTCCAAAATATGACCCCCCA 330 | || |||||||| |||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 828 CCAAAATATGACCCCCCAGTTTACGTTCCACCACCACCCGCTCCAAAATATGACCCCCCA 887 Query 331 GTCTACG 337 ||||||| Sbjct 888 GTCTACG 894 Score = 154 bits (83), Expect = 1e-36 Identities = 153/187 (82%), Gaps = 3/187 (2%) Strand=Plus/Plus Query 622 CCAGCTCCAAAATATGACCCCCCAGTTTACGTCCCACCACCACCCCCTCCAAAATATGAC 681 ||| ||||| |||||| ||||| || || | ||||||||| ||||| || ||||||| Sbjct 195 CCACCTCCAGTATATGATCCCCCTGTCTATGCCCCACCACCGCCCCCACCTGTATATGAC 254 Query 682 CCCCCAGTTTACGTTCCAGCACCTGCACCAGCTCCAGTTTACGTTCCACCACCACCCCCT 741 || ||||| |||||||| || ||||||||| | || || |||| ||||||||||| ||| Sbjct 255 CCTCCAGTCTACGTTCCGGCTCCTGCACCACCCCCGGTCTACGCCCCACCACCACCACCT 314 Query 742 CCAAAATATGACCCCCCAGTTTACGT---TCCACCACCCGCTCCAAAATATGACCCCCCA 798 | || |||||||| |||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 315 CTGAAGTATGACCCTCCAGTTTATGTCCCACCACCACCCCCTCCAAAATATGACCCCCCA 374 Query 799 GTCTACG 805 ||||||| Sbjct 375 GTCTACG 381 Score = 150 bits (81), Expect = 2e-35 Identities = 127/149 (85%), Gaps = 3/149 (2%) Strand=Plus/Plus Query 574 CCTCCTCCTCCAAAATATGACCCCCCAGTTTATGTCCCACCACCTGTACCAGCTCCAAAA 633 || || |||| || |||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||| Sbjct 306 CCACCACCTCTGAAGTATGACCCTCCAGTTTATGTCCCACCACC---ACCCCCTCCAAAA 362 Query 634 TATGACCCCCCAGTTTACGTCCCACCACCACCCCCTCCAAAATATGACCCCCCAGTTTAC 693 |||||||||||||| |||| ||||||||| || ||||||||||||||||| ||||| ||| Sbjct 363 TATGACCCCCCAGTCTACGCCCCACCACCGCCTCCTCCAAAATATGACCCTCCAGTCTAC 422 Query 694 GTTCCAGCACCTGCACCAGCTCCAGTTTA 722 ||||| || ||||||||| | || ||||| Sbjct 423 GTTCCTGCTCCTGCACCACCCCCGGTTTA 451 Score = 147 bits (79), Expect = 2e-34 Identities = 162/201 (81%), Gaps = 10/201 (5%) Strand=Plus/Plus Query 581 CTCCAAAATATGACCCCCCAGTTTATGTCCCACCACCTGTACCAGCTCCAAAATATGACC 640 ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||| Sbjct 712 CTCCAAAATATGACCCCCCAGTTTACGTCCCACCACC---ACCCCCTCCAAAATATGACC 768 Query 641 CCCCAGTTTACGTCCCACCACCACC-CC--CTCCAAAATATGACCCCCCAGTTTACGTTC 697 ||||||||||||| ||| |||| | || ||||| || | || ||| | || Sbjct 769 CCCCAGTTTACGTTCCAGCACCTGCACCAGCTCCAGTTTACGTTCCACCACCACCCCCTC 828 Query 698 CAGCACCTGCACCAGCTCCAGTTTACGTTCCACCACCACCCCCTCCAAAATATGACCCCC 757 || | || ||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 829 CAAAATATG-ACCC-C-CCAGTTTACGTTCCACCACCACCCGCTCCAAAATATGACCCCC 885 Query 758 CAGTTTACGTTCCACCACCCG 778 |||| ||||||||| | |||| Sbjct 886 CAGTCTACGTTCCAGC-CCCG 905 Score = 126 bits (68), Expect = 3e-28 Identities = 174/223 (78%), Gaps = 16/223 (7%) Strand=Plus/Plus Query 638 ACCCCCCAGTTTACGTCCCACCACCACCCCCTCCAAAATATGACCCCCCAGTTTACGTTC 697 |||||||| ||| | |||| |||||| || || || |||||||| ||||| ||||| | Sbjct 560 ACCCCCCA-CTTATGCTCCACTACCACCGCCCCCCAAGTATGACCCTCCAGTCTACGTCC 618 Query 698 CAGCACCTGCACCAGCTCCAGTTTACGTTCCACCA--CCA----CCCCCTCCAAAATATG 751 || | ||||||||||| |||||||| | || ||| | | || ||||||||||||| Sbjct 619 CACCTCCTGCACCAGCCCCAGTTTATGAGCCTCCAGTCTATGTTCCTCCTCCAAAATATG 678 Query 752 ACCCCCCAGTTTACGTTCCACCACC--C----GCTCCAAAATATGACCCCCCAGTCTACG 805 ||||||||||||| || |||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 679 ACCCCCCAGTTTATGTCCCACCACCTGCACCAGCTCCAAAATATGACCCCCCAGTTTACG 738 Query 806 TTCCAGCCCCGGCACCACCCCCGGTTTATGACCCTCCAGTTTA 848 | ||| || | |||| || || |||||||| |||||||| Sbjct 739 TCCCA-CCAC--CACCCCCTCCAAAATATGACCCCCCAGTTTA 778 Score = 126 bits (68), Expect = 3e-28 Identities = 107/125 (86%), Gaps = 6/125 (5%) Strand=Plus/Plus Query 715 CCAGTTTACGTTCCACCAC---CACCCCCTCCAAAATATGACCCCCCAGTTTACGTTCCA 771 |||||||| || ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 684 CCAGTTTATGTCCCACCACCTGCACCAGCTCCAAAATATGACCCCCCAGTTTACGTCCCA 743 Query 772 CCACC-CG--CTCCAAAATATGACCCCCCAGTCTACGTTCCAGCCCCGGCACCACCCCCG 828 ||||| | |||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||| | || Sbjct 744 CCACCACCCCCTCCAAAATATGACCCCCCAGTTTACGTTCCAGCACCTGCACCAGCTCCA 803 Query 829 GTTTA 833 ||||| Sbjct 804 GTTTA 808 Score = 117 bits (63), Expect = 2e-25 Identities = 95/111 (86%), Gaps = 0/111 (0%) Strand=Plus/Plus Query 307 CCCCCTCCAAAATATGACCCCCCAGTCTACGCCCCACCACCGCCTCCTCCAAAATATGAC 366 || |||||| |||||| ||||| ||||| |||||||||||||| || || ||||||| Sbjct 195 CCACCTCCAGTATATGATCCCCCTGTCTATGCCCCACCACCGCCCCCACCTGTATATGAC 254 Query 367 CCTCCAGTCTACGTTCCTGCTCCTGCACCACCCCCGGTTTATGACCCTCCA 417 ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || | ||| ||| Sbjct 255 CCTCCAGTCTACGTTCCGGCTCCTGCACCACCCCCGGTCTACGCCCCACCA 305 Score = 117 bits (63), Expect = 2e-25 Identities = 145/182 (80%), Gaps = 15/182 (8%) Strand=Plus/Plus Query 526 TATGCTCCACTACCACCGCCCCC-CAAG--TATGACCCTCCAGTCTATGTTCCTCCTCCT 582 ||||| || | |||||||||||| | | ||||||||||||||||| ||||| ||||| Sbjct 222 TATGC-CC-C-ACCACCGCCCCCACCTGTATATGACCCTCCAGTCTACGTTCCGGCTCCT 278 Query 583 CCAAAATATGACCCCCCAGTTTATGTCCCACCACCTGTACCAGCTCCAAAATATGACCCC 642 || | ||||| || || | ||||||||| |||| ||| || |||||||| Sbjct 279 GCA-----CCA-CCCCCGGTCTACGCCCCACCACC---ACCACCTCTGAAGTATGACCCT 329 Query 643 CCAGTTTACGTCCCACCACCACCCCCTCCAAAATATGACCCCCCAGTTTACGTTCCAGCA 702 |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| || Sbjct 330 CCAGTTTATGTCCCACCACCACCCCCTCCAAAATATGACCCCCCAGTCTACGCCCCACCA 389 Query 703 CC 704 || Sbjct 390 CC 391 Score = 117 bits (63), Expect = 2e-25 Identities = 152/194 (78%), Gaps = 9/194 (5%) Strand=Plus/Plus Query 163 TATGATCCCCCTGTCTATGCCCCACCACCGGC-CC--CACCTGTATATGACCCTCCAGTC 219 ||||| || || ||||| | |||||| || || || | || || ||||| ||||||||| Sbjct 597 TATGACCCTCCAGTCTACGTCCCACCTCCTGCACCAGCCCCAGTTTATGAGCCTCCAGTC 656 Query 220 TACGTTCCGGCTCC--TGCACCA-CCCCCGGTCTACGCCCCACCAC---CACCACCTCTG 273 || ||||| |||| | | ||||| || || | |||||||| ||||| ||| Sbjct 657 TATGTTCCTCCTCCAAAATATGACCCCCCAGTTTATGTCCCACCACCTGCACCAGCTCCA 716 Query 274 AAGTATGACCCTCCAGTTTATGTCCCACCACCACCCCCTCCAAAATATGACCCCCCAGTC 333 || |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 717 AAATATGACCCCCCAGTTTACGTCCCACCACCACCCCCTCCAAAATATGACCCCCCAGTT 776 Query 334 TACGCCCCACCACC 347 |||| ||| |||| Sbjct 777 TACGTTCCAGCACC 790 Score = 111 bits (60), Expect = 8e-24 Identities = 174/225 (77%), Gaps = 24/225 (11%) Strand=Plus/Plus Query 574 CCTCCTCCTCCAAAATATGACCCCCCAGTTTATGTCCCACCACCTGTACCAGCTCCAAAA 633 || || || || || |||||||| ||||| || |||||||| |||| |||||| ||| Sbjct 582 CCACCGCCCCCCAAGTATGACCCTCCAGTCTACGTCCCACCTCCTGCACCAGCCCCAGTT 641 Query 634 TATGACCCCCCAGTTTACGTCCCACCACCACCCCCTCCAAAATATGACCCCCCAGTTTAC 693 ||||| || ||||| || || || |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 642 TATGAGCCTCCAGTCTATGT---------TCCTCCTCCAAAATATGACCCCCCAGTTTAT 692 Query 694 GTTCCAGCACCTGCACCAGCT---------------CCAGTTTACGTTCCACCACCACCC 738 || ||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| Sbjct 693 GTCCCACCACCTGCACCAGCTCCAAAATATGACCCCCCAGTTTACGTCCCACCACCACCC 752 Query 739 CCTCCAAAATATGACCCCCCAGTTTACGTTCCACCACCCGCTCCA 783 ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||| Sbjct 753 CCTCCAAAATATGACCCCCCAGTTTACGTTCCAGCACCTGCACCA 797 Score = 104 bits (56), Expect = 1e-21 Identities = 148/191 (77%), Gaps = 12/191 (6%) Strand=Plus/Plus Query 526 TATGCTCCACTACCACCGCCCCCCAAGTATGACCCTCCAGTCTATGT------TCCTCCT 579 || || |||| |||||| || | ||||||||||||||||| ||||| || || Sbjct 294 TACGCCCCACCACCACCACCTCTGAAGTATGACCCTCCAGTTTATGTCCCACCACCACCC 353 Query 580 CCTCCAAAATATGACCCCCCAGTTTATGTCCCACCACCTGTACCAGCTCCAAAATATGAC 639 ||||||||||||||||||||||| || | ||||||||| | || |||||||||||||| Sbjct 354 CCTCCAAAATATGACCCCCCAGTCTACGCCCCACCACC-G--CCTCCTCCAAAATATGAC 410 Query 640 CCCCCAGTTTACGT-CC--CACCACCACCCCCTCCAAAATATGACCCCCCAGTTTACGTT 696 || ||||| ||||| || | || |||| || || |||||||| ||||| || ||| Sbjct 411 CCTCCAGTCTACGTTCCTGCTCCTGCACCACCCCCGGTTTATGACCCTCCAGTCTATGTT 470 Query 697 CCAGCACCTGC 707 ||| ||||||| Sbjct 471 CCACCACCTGC 481 Score = 104 bits (56), Expect = 1e-21 Identities = 60/62 (97%), Gaps = 0/62 (0%) Strand=Plus/Plus Query 643 CCAGTTTACGTCCCACCACCACCCCCTCCAAAATATGACCCCCCAGTTTACGTTCCAGCA 702 ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 801 CCAGTTTACGTTCCACCACCACCCCCTCCAAAATATGACCCCCCAGTTTACGTTCCACCA 860 Query 703 CC 704 || Sbjct 861 CC 862 Score = 99.0 bits (53), Expect = 7e-20 Identities = 117/148 (79%), Gaps = 4/148 (3%) Strand=Plus/Plus Query 281 ACCCTCCAGTTTATGTCCCACCACCACCCCCTCCAAAATATGACCCCCCAGTCTACGCCC 340 |||| || || || | |||||||||||| |||| || |||||||| ||||| || | || Sbjct 284 ACCC-CCGGTCTACGCCCCACCACCACCACCTCTGAAGTATGACCCTCCAGTTTATGTCC 342 Query 341 CACCACCGCCTCCTCCAAAATATGACCCTCCAGTCTACGTTCCTGCTCCTGCACCACCCC 400 ||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||| || | || || | || | Sbjct 343 CACCACCACCCCCTCCAAAATATGACCCCCCAGTCTACGCCCCACCACC-GC-CT-CCTC 399 Query 401 CGGTTTATGACCCTCCAGTCTATGTTCC 428 | ||||||||||||||||| ||||| Sbjct 400 CAAAATATGACCCTCCAGTCTACGTTCC 427 Score = 99.0 bits (53), Expect = 7e-20 Identities = 117/148 (79%), Gaps = 4/148 (3%) Strand=Plus/Plus Query 240 ACCC-CCGGTCTACGCCCCACCACCACCACCTCTGAAGTATGACCCTCCAGTTTATGTCC 298 |||| || || || | |||||||||||| |||| || |||||||| ||||| || | || Sbjct 325 ACCCTCCAGTTTATGTCCCACCACCACCCCCTCCAAAATATGACCCCCCAGTCTACGCCC 384 Query 299 CACCACCACCCCCTCCAAAATATGACCCCCCAGTCTACGCCCCACCACC-GC-CT-CCTC 355 ||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||| || | || || | || | Sbjct 385 CACCACCGCCTCCTCCAAAATATGACCCTCCAGTCTACGTTCCTGCTCCTGCACCACCCC 444 Query 356 CAAAATATGACCCTCCAGTCTACGTTCC 383 | ||||||||||||||||| ||||| Sbjct 445 CGGTTTATGACCCTCCAGTCTATGTTCC 472 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 41440553252 Database: Dcitr_OGSv2.0_rna.fa Posted date: Mar 4, 2018 10:37 PM Number of letters in database: 49,157,538 Number of sequences in database: 25,292 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